La ubicación exacta de la Mezquita es desconocida. abarcando probablemente el hoy día Sagrario, el jardín y la torre, como asi mismo, las capillas del Cristo de los Niños, Cristo de la Buena Muerte, San Rafael y Nuestra Señora de las Angustias, formando el conjunto limitado por el Patio de las Cadenas. En el jardín de hoy había un huerto de naranjos, mencionado en el Libro de Cabildos. Nada se sabe en concreto sobre las puertas. Medina Conde afirma que había, además de la puerta principal que daba a lo que hoy es la calle Molina Lario, una puerta lateral abierta sobre lo que es actualmente la calle de Císter.
La tradición dice, además, que al entrar los Reyes el 19 de agosto de 1487, llevaron en solemne procesión la imagen de Nuestra Señora de los Reyes, imagen que les acompañaba en todas sus expediciones y que ostentaba todas las joyas de la reina Isabel, mientras Su Majestad iba detrás, descalza y humildemente vestida. La puerta principal seguía dando sobre la hoy calle de Molina Lario, y por ella se pasaba al Patio de los Naranjos. El piso de la primitiva iglesia estaba encima de la superficie de la calle, como aun hoy día; unas escaleras daban acceso al claustro y, a uno y otro lado de la puerta, y sobre él existían varias habitaciones, una de ellas llamada de la Sala Grande. En un acta de Cabildo se habló, inclusive, de usar estas habitaciones como sitio de reposo para ciertos enfermos recien salidos del hospital.Al conquistar los cristianos la ciudad, entraron en ella los Reyes el día siguiente y, consagrada la mezquita Mayor en iglesia por don Pedro Gonzalez de Mendoza, Cardenal de España, en compañía de fray Hernando de Talavera, obispo de Avila; don Pedro de Rexamo, obispo de Badajoz, y don García de Valdevieso, obispo de León, entraron en solemne procesión acompañados de toda su corte, asistiendo a una misa que ahí celebró su Capilla con toda solemnidad. A la Mezquita Mayor donde se ha hecho el nuevo y suntuoso edificio que se prosigue en fábrica (1622) dieron el nombre de Santa María de la Encarnación. Esto dice textualmente fray Martín de Roa, mencionando luego que el título de la Encarnación se lo daba la reina, siempre, a la iglesia Mayor.
principio utilizaron los cristianos la Mezquita original sin cambiar su estructura, haciendo sólo las reformas más necesarias. Esto es, colocando altares, pendones, imágenes para el culto. Según Al Bakri, la Mezquita de Málaga tenía cinco naves, posiblemente una principal, llevando al mirhab, y dos laterales, más dos axiales. Lo que sí es seguro es que fue fundada por Mu awya Ibn Salik al Hadrami, un emigrado Sirio que era hombre de confianza del primer emir cordobés. La iglesia vieja ocupaba sólo una parte de la mezquita, ubicada sobre los emplazamientos del Sagrario, la galería y algunas capillas. Lo demás eran dependencias y oficinas En 1498 se hizo la bellísima portada gótica, en el lienzo de la ex mezquita que se hallaba en frente al hoy hospital Santo Tomás, entonces mesón. La construcción de este portal fue por mediación del obispo Pedro de Toledo, que mandó además poner ahí sus escudos. Muy pronto se comenzó a erigir altares, haciendo mención de éstos Medina Conde. Parece ser el más antiguo, después del altar Mayor, el de la capilla de Santa Agueda o de Avila, construido en 1496. Al comenzar las obras de la nueva iglesia en 1528, poco a poco se trasladaron los altares, pero algunos desaparecieron y de otros quedaron sólo vestigios, imágenes o cuadros. Según Medina Conde, había en primer lugar: el Altar Mayor. De esta capilla sólo conocemos que en ella fue colocada la imagen de Nuestra Señora de los Reyes, ignorando la forma del altar, aunque se hace referencia a una verja.
Se supone que estaba ahí el sepulcro de bronce del arzobispo de Salema, don Luis de Torres. que: hoy se encuentra en la capilla de San Francisco, siendo concedido a la noble familia de los Torres. Capilla de las Reliquias. Sólo sabemos que se situaba: muy cerca del altar mayor, ya que se prohibía decir misa simultáneamente en los dos altares. Capilla, de Santa Agueda o de Avila. Fundada por doña Marina Martín, madre del canónigo Cristóbal de Avila. fue dotada ya en 1496, por el canónigo Juan de Montoro para el culto de Santa Agueda. De ésta santa sólo se conserva en la iglesia nueva un cuadro con su efigie. Capilla de San Sebastián. Medina Conde no la menciona, pero da cuenta de una lápida sepulcral que existía junto a la puerta de las Cadenas, y en la que constaba fue fundada por el canonigo Sebastián de Zurita. Se trasladó a la nueva iglesia en 1600.
Capilla de la Quinta Angustia. Unicamente, dice Medina Conde, que, en la vacante del Señor Toledo, se concedió el 23 de agosto de 1499, al canónigo Francisco de Alcaraz, para que la adornase y en ella hiciera su enterramiento. Capilla de Santa Cecilia. El canónigo Francisco de Melgar, Maestre Escuela de la Santa Iglesia Catedral, construyó y dotó una capilla a Santa Cecilia en 1514. No consta que esta capilla fuera trasladada a la iglesia nueva. Capilla de Nuestra Señora de los Remedios. Fue fundada en 1520 por la viuda Catalina Hernández, siendo acabada en 1532. Sólo se conservaba una imagen, ya que este altar no fue trasladado a la iglesia nueva. Capilla de Ntra. Sra. de Montserrat o de los Catalanes. Sólo se conoce su existencia por las actas del Cabildo, mencionándola en 1511. Capilla de San Gregario. Fundada en 1511, se hallaba al lado de la epístola del Altar Mayor, y su nave, pequeña y de estilo gótico, se conserva todavía en nuestros días, formando el descanso de la escalera de la que fue oficina de la Fábrica Mayor y antes Sala Capitular. Su piso era más elevado que el jardín y que la iglesia del Sagrario. Capilla de Santa Bárbara. Erigida durante el pontificado de Diego Ramírez de Haro en 1515 y reedificada bajo César Riario, construyéndose el hermoso retablo de estilo gótico que se encuentra en la iglesia nueva.
Capilla de los Libros. Su existencia sólo está probada por una acta del Cabildo en 1533. de las Cadenas, sobre la cual mandó inscribir: NOVISCUM HIC, HABITAT COELO QUI REGNAT BERNARDO MANRQUE PROESULE. Las obras de la iglesia se detienen sobre el año 1546, pero en 1551 se comienza una segunda fase. Esta vez no hay dudas sobre los planos, puesto que son de Andrés de Vandelvira, bajo la aprobación de Hernán Ruiz de Córdoba. Con ellos se inician obras netamente renacentistas, destacando la elevación de un segundo cuerpo sobre el principal es decir, construido sobre el cornisamento, dando a ambos igual importancia y terminando la obra en el techo con una labor finísima. Fue necesario el derribo de muchas casas de alrededor para la ampliación del nuevo edificio. Curioso detalle es que, durante la construcción de la iglesia, se usó el agua de un pozo que se encontraba en la hoy capilla del Pilar, recientemente reconstruida, llamándose por esta razón, durante muchos años, el altar del Pozo.
En 1587 se acabó la obra principal bajo el pontificado del obispo Francisco Pacheco de Córdoba, y el templo fue dedicado bajo García de Haro, el 31 de agosto de 1588. Sin embargo, faltaba el coro, y el obispo hizo levantar una empalizada de madera en la nave mayor para instalarlo ahí, haciendo venir para tal fin a Fernán Ruiz de Córdoba y a Cristóbal de Rojas, de Cádiz.
De este coro no queda nada, ya que posteriormente fue derribado. Comienza en la iglesia antigua, cuyo trazado nos es desconocido. Algo debía haber habido, aunque sencillo, ya que las mezquitas no ofrecen disposiciones para coros, siendo desconocido en ellas. Parece ser que su ubicación fue el sitio que ocupa hoy el altar Mayor, llamándose con tal motivo las capillas de alrededor capillas del trascoro; el altar Mayor de la primitiva iglesia se hallaba donde hoy el coro. Después del coro erigido bajo García de Haro, se prosiguieron obras totalmente nuevas, que terminaron en 1662, interviniendo en ellas primeramente Ortiz de Vargas y José Micael Alfaro. Durante muchos años se ha creído que éste último fue de origen italiano, siendo esta hipótesis completamente falsa, ya que sus padres eran oriundos de Zaragoza. Se empleó madera de cedro, caoba y granadillo, procedente de América. Al morir Alfaro fue contratado en 1658 Pedro de Mena, que talló cuarenta tableros por la suma de 40.000 reales. Micael Alfaro murió en mayo de 1650, encontrándose su sepultura en la iglesia de Santiago.
Fue el autor del San Pedro y San Pablo que se hallan sobre las sillas de los asistentes a cada lado de la silla prelacial que luce las armas del obispo Antonio Enríquez; igualmente de diferentes tableros del coro. Otras figuras se atribuyen a Alonso Cano, siendo el fastiol, construido en 1654, obra de Fernando Ortiz; entre éste y el trono hay un atril de bronce que representa un águila y fue realizada en 1681. Encima cuelga una hermosa araña de Bohemia de 1766. El coro es una de las piezas más valiosas de la Catedral, habiéndose hecho un estudio últimamente sobre cada uno de sus tableros y tallas. Lo único que verdaderameflte llama la atención es la hermosa figura de Nuestra Señora de las Angustias, obra de los hermanos Pissanis, de Florencia, instalada en 1800. A cada lado, obras de Salazar, de 1802, imitando mármol. Hay además cuatro altares laterales, cuyas figuras y tallas se atribuyen a Salvador León o León el Viejo.
Las obras de la Catedral continuaron con muchas interrupciones. El coro se acabó en 1631, bajo la dirección de Pero Díaz de Palacio, que fue maestro aparejador cuando estuvo dirigiendo las obras de la iglesia Diego de Vergara. En las fechas comprendidas en· tre 1665 y 1692, se pusieron de nuevo en marcha las obras, quedando interrumpidas otra vez, posiblemente por motivos políticos, hasta 1719. En este año, habiéndose constatado desperfectos debidos a las infiltraciones de la Iluvia, recomenzaron de nuevo. En 1721 se comenzó la torre, bajo la dirección de José de Bada, que encontró dificultades técnicas para su construcción debido a errores en la estructura del edificio; sin embargo, se terminaron los cuerpos inferiores de las dos torres en 1735. Inmediatamente se procede a la obra de la Portada Principal. Una torre no llegó a terminarse; de ahí el apodo cariñoso dado a la Catedral de la «Manquita».
La tradición malagueña afirma que los dineros destinados a terminar esta torre fueron enviados a América para ayudar en la Guerra de Independencia. La otra torre se terminó en 1769 y tiene una placa en la que se lee: "Esta torre se acabó el dya tres de agosto del año mil setecientos sesenta y nueve, y tiene de alto desde la superficie de la calle hasta la extremedad del arpón ciento diez varas y media castellanas". En la Sala Capitular se pueden ver los planos de Bada. fechados en 1738. La verja se colocó en 1783 y es obra del maestro rejero Luis Gómez, que hizo igualmente las otras verjas. Los leones de mármol que rematan la balaustrada son obra de Agustín Valero, en 1772. La puerta principal es monumental, de estilo renacentista; junto a ella, dos puertas laterales en maderas nobles, con bellísimas tallas de Ortiz de Valdevieso representando la Anunciación y los lirios simbólicos. Sin embargo, el dibujo de la puerta principal se debe a Ventura Rodríguez, labrado por VilIanueva en 1764. Toda la fachada está revestida de ricos mármoles; sobre I a s puertas, tres grandes medio relieves; en su mitad, el medallón del arcángel Gabriel, en mármol blanco, anunciando el misterio de la Encarnación a María, que, según algunos, es obra de Villanueva. A los lados, encima de las dos puertas latera¡es, se encuentran medallones representando a los santos patrones de Málaga, Ciriaco y Paula, obra de Salazar. En el museo de la Catedral se ve un grabado que lleva 67 fecha de 1784 y fue hecho por el arquitecto Antonio Ramos; en él aparece la fachada completa, con las dos torres en el frontón, rematada por un templete y figuras alegóricas, las cuales nunca llegaron a construirse.
